يعد القرنفل من النباتات المفيدة للإنسان، وبالرغم من ذلك فإنه يحمل بعض الآثار الجانبية على الصحة العامة وهى كالتالي:
1/ يحظر استخدام القرنفل قبل الخضوع للعمليات لاحتوائه على مركب كيميائي يدعى الأوجينول، ثبت أنه يعمل على إبطاء عملية تخثر الدم ويتعارض مع مضادات الجلطات، مثل الأسبرين مما يزيد من فرص الإصابة بالنزيف.
2/ يلعب زيت القرنفل دور كبير في تسكين آلام الأسنان، ولكن استخدامه لفترة طويلة في هذا الغرض دون استشارة الطبيب المختص، قد يتسبب في تلف اللثة والتهاب الغشاء المخاطي للفم.
3/ يجب على الأشخاص الذين يعانون من أمراض الكلى والكبد عدم الإفراط في تناول زيت القرنفل غير المخفف، لأن الجرعات العالية من مركب الأوجينول المتوفر به قد تؤدي إلى الإصابة بالتسمم وتليف الكبد والفشل الكلوي.
4/ كما يجب على الأمهات استشارة الطبيب المختص قبل تقديم القرنفل للأطفال لاحتمالية أن يصيبهم ببعض الآثار الجانبية الخطيرة مثل نوبات الصرع وتليف الكبد وخلل في توازن السوائل بالجسم.
وتوصي منظمة الصحة العالمية بألا تتجاوز الحصة اليومية المستهلكة من القرنفل 2,5 مجم لكل 1 كجم من وزن الجسم، لضمان الحصول على فوائده دون الإصابة بأى أضرار.